la majorité des montagnes de franche-comté font partie du massif jurassien qui s'étend également en suisse et dans l'ain , c'est un massif calcaire ou les montagnes ne sont pas très hautes , ces sommets font partie de la moyenne montagne . en tout cas en franche-comté car dans l'ain le cret de la neige culmine quand a 1720 metres .

   L'autre massif est le massif des vosges qui est présent tout au nord de la franche-comté , jusqu'en lorraine . Sur le territoire franc-comtois les principaux sommets sont le ballon d'Alsace et le ballon de Servance

le cret pela

le cret pela est le plus haut sommet de franche-comté avec ses 1495 mètres de haut il domine la chaine du jura .

le mont d'or

c'est un sommet de 1461 mètres qui est cèlebre pour la station de sport d'hiver de métabief qui est la plus importante du haut doubs , 40 KM de pistes de désentes et 120 KM de piste de ski de fond .

le cret au merle

c'est un somment qui fait partie de la chaine du jura et qui culmine a 1448 mètres , il est a la limite entre le jura et l'ain

le grand taureau

ce somment de 1323 mètres qui se situe non loin de pontarlier , est le point culminant du massif du larmont , c'est le 4 em plus haut sommet de franche comté

le ballon d'alsace

contrarement a ce que l'on peut penser , le ballon d'alsace n'est pas entierement située en alsace , il s'etend sur 4 communes , situées sur 3 régions : l'alsace , la franche-comté et la loraine , en franche-comté , il s'étend sur la commune de lepuix ( territoire de  belfort ) et sur la commune de plancher-les-mines ( haute-saone ).

le ballon d'alsace fait partie du massif des vosges et culmine a 1247 mètres .